Следственными органами Следственного комитета Российской Федерации по Костромской области возбуждено уголовное дело по факту нецелевого расходования бюджетных средств по признакам преступления, предусмотренного п. «б» ч. 2 ст. 285.1 УК РФ (нецелевое расходование бюджетных средств в особо крупном размере).
По версии следствия, в 2011 году на реализацию региональной программы модернизации здравоохранения в бюджет Костромской области поступили средства фонда в сумме 800 миллионов 480 тысяч рублей, в 1 полугодии 2012 года - 297 миллионов 434 тысячи рублей. После чего должностные лица департамента финансов Костромской области осуществили платеж государственного долга на сумму 900 миллионов рублей, в том числе за счет средств ФФОМС в размере 365 миллионов 962 тысячи рублей, предназначенных для финансирования мероприятий в рамках программы модернизации здравоохранения. Вместе с тем, в указанный период не были исполнены условия 16 государственных контрактов: не оплачены поставка медицинского оборудования и ремонтные работы медицинских учреждений области на сумму более 234 миллионов рублей, чем нарушены права хозяйствующих субъектов и в конечном итоге права граждан. Общая сумма нецелевого использования средств федерального бюджета составила более 365 миллионов рублей.
В настоящее время проводятся следственные действия, направленные на установление всех обстоятельств произошедшего. Расследование уголовного дела продолжается.